ヒトの腸管、主に大腸には約1000種類、100兆個にも及ぶ腸内細菌（腸内細菌叢（そう）や腸内フローラとよばれます）が生息しています。

ヒトの腸内細菌は、善玉の菌と悪玉の菌、そのどちらでもない中間の菌（日和見菌（ひよりみきん））と、大きく分けて3グループで構成され、それぞれ作用やからだに与える影響が異なります。これらの菌は互いに密接な関係を持ち、複雑にバランスをとっています。

腸内細菌の中で一番数が多い菌は中間の菌で、次に善玉菌が多く、悪玉菌は少数です。腸内細菌の種類は個人によって極めて多様で異なり、さらに食事・在住国などの要因によっても異なるとされています。

また、菌の数は年齢によって増減はあるものの、菌の種類は一生を通じてほとんど変わらないことも報告されています。例えば抗生物質の飲用や食中毒では腸内細菌は大きく変動しますが、時間の経過とともに元に戻るとの報告もあります。

悪玉菌は、たんぱく質や脂質が中心の食事・不規則な生活・各種のストレス・便秘などが原因で腸内に増えてきます。
腸内細菌は肥満、糖尿病、大腸がん、動脈硬化症、炎症性腸疾患などの疾患と密接な関係があり、これらの患者の腸内細菌は健常者と比べて著しく変化していることが知られています。

一方、健康的な腸内細菌は、ビフィズス菌や乳酸菌（正確には乳酸桿（かん）菌）などの善玉菌が優勢であり、その他の菌ができるだけ劣勢である状態です。善玉菌は乳酸や酢酸などを作り、腸内を酸性にすることによって、悪玉菌の増殖を抑えて腸の運動を活発にし、食中毒菌や病原菌による感染の予防や、発がん性をもつ腐敗産物の産生を抑制する腸内環境を作ります。

また善玉菌は腸内でビタミン（B1・B2・B6・B12・K・ニコチン酸・葉酸）を産生します。さらに善玉菌の体を構成する物質には、体の免疫機能を高め、血清コレステロールを低下させる効果も報告されています。